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Le mini-jeu Borderlands aidera à cartographier le microbiome intestinal humain


Aujourd’hui, Borderlands 3 reçoit un nouveau mini-jeu interactif, Borderlands Science. Mais il ne s’agit pas seulement d’un moyen supplémentaire de passer le temps entre deux missions : Il contribuera aussi directement à la recherche en biomédecine.

Les joueurs résolvent des énigmes dans le cadre du mini-jeu en reliant des formes colorées en blocs de quatre. En résolvant ces énigmes, les joueurs aident les chercheurs en microbiologie en triant leurs données et en les analysant plus efficacement qu’un ordinateur ne pourrait le faire.

Digital Trends s’est entretenu avec Randy Pitchford, le PDG de Borderlands 3 et Attila Szantner, cofondateur du projet Massively Multiplayer Online Science, qui met en relation scientifiques et développeurs de jeux, sur ce que les joueurs peuvent gagner en jouant. Borderlands Science – et ce qu’ils peuvent rendre au monde en le faisant.

Un corps étranger

Le corps humain regorge de micro-organismes de types et d’espèces très différents. Ensemble, ces microbes forment le microbiome, terme désignant la somme totale de tout le matériel génétique des différents microbes présents dans le corps.

Bien que nous considérions généralement les organismes tels que les bactéries et les virus comme dangereux pour notre santé, seule une partie de la grande variété de micro-organismes que nous hébergeons est nuisible. Il y a tellement de microbes dans nos systèmes qu’ils sont même plus nombreux que les cellules de notre corps, ce qui a conduit certains experts à affirmer que la meilleure façon de nous décrire n’est pas d’être purement humain, mais d’être un hôte codépendant de ces microbes.

Borderlands Science
Gearbox

Le microbiome a été identifié comme jouant un rôle important dans toutes sortes de fonctions corporelles, du soutien du système immunitaire à la régulation des niveaux d’hormones, et est connu pour contribuer à des problèmes de santé comme l’obésité. Et lorsque le microbiome se dérègle, il peut contribuer à des maladies comme l’arthrite, la dystrophie musculaire, la sclérose en plaques et la fibromyalgie. Il a même été associé à des troubles du développement neurologique comme l’autisme et à des troubles psychologiques comme l’anxiété.

Trouver des microbes similaires

Une tâche importante mais fastidieuse de la recherche sur le microbiome consiste à classer les nombreux types de microbes en groupes génétiquement similaires. Une fois que les chercheurs ont collecté des échantillons provenant de milliers de sources, quelqu’un doit examiner l’ADN de chaque microbe différent et décider s’il s’agit de la même espèce ou d’une espèce similaire à un autre microbe, afin de le classer.

Un langage de programmation permet aux bactéries de guérir les cellules par génie génétique
Sergey Volkov/123RF.com

Si les ordinateurs sont extrêmement performants dans certaines tâches de classification, ils ne sont pas aussi performants pour reconnaître les correspondances « proches ». Les humains, en revanche, sont très doués pour faire des estimations rapides et approximatives de la similarité, ce qui donne des résultats quasi-optimaux.

La classification des microbes est une tâche quelque peu ambiguë et nécessite de faire preuve de jugement.

C’est pourquoi il est si utile de confier à des humains le travail de classification du microbiome. Mais la plupart des gens ne veulent pas s’asseoir et trier une pile de données scientifiques arides.

Transformer cette tâche en un mini-jeu la rend beaucoup plus intéressante, et intégrer ce mini-jeu dans un jeu déjà populaire comme Borderlands 3 signifie que davantage de personnes y auront accès et joueront, ce qui générera davantage de données de recherche, a déclaré M. Szantner.

Comment La science des zones frontalières ouvrages

Il y a des millions de séquences d’ADN à analyser dans l’ensemble de données sur le microbiome intestinal humain, et chaque séquence fait 150 nucléotides de long. Mais elles sont remplies d’erreurs laissées par l’analyse informatique automatisée.

Les joueurs travaillent sur de petits morceaux de données en associant des tuiles de couleur pour former des rangées. En faisant correspondre les séquences, les joueurs identifient les erreurs dans l’ensemble des données.

« C’est essentiellement un jeu d’arcade », a déclaré Randy Pitchford, PDG de Gearbox. « La solution est donc devenue évidente. Les concepteurs et les artistes ont eu l’idée suivante : Et si, à bord de la base du héros, quelqu’un apportait une borne d’arcade ? Et qu’elle soit là comme faisant partie de la fiction. Vous jouez à un jeu à l’intérieur d’un jeu. Il a donc ses propres règles, ses propres récompenses et son propre score. »

Certaines des récompenses offertes pour jouer Borderlands Science peut être temporairement reportée et aider les joueurs dans la partie principale du jeu. Borderlands 3 tandis que d’autres sont des améliorations cosmétiques que les joueurs peuvent porter fièrement pour montrer leur contribution au mini-jeu scientifique.

Borderlands Science
Gearbox

Le mini-jeu n’est pas présenté comme un ajout de science citoyenne au jeu principal. Il est plutôt intégré au monde ; certains joueurs ne se rendront peut-être même pas compte qu’ils travaillent pour faire avancer la science.

« Borderlands est un univers énorme et varié qui offre aux joueurs tellement de choses différentes à faire et à expérimenter », a-t-il déclaré. « L’idée de laisser de côté les objectifs principaux pendant une minute et de prendre la tangente parce que quelque chose est intéressant ou amusant fait déjà partie intégrante de l’univers de Borderlands. Borderlands. »

Pitchford a comparé le mini-jeu à des titres familiers tels que Tetris et Dr. Marioqui consiste également à faire correspondre des couleurs et des formes. Cette familiarité est voulue, car le format correspond parfaitement à l’ensemble des données sur le microbiome et à la manière dont elles doivent être analysées.

Un moteur de calcul humain presque illimité

Il peut sembler inhabituel d’intégrer un projet d’analyse scientifique dans un jeu de tir et de pillage au rythme effréné, tel que Borderlands 3. La plupart des projets de science citoyenne impliquent la classification calme des données, comme un projet visant à lutter contre la pollution lumineuse en classant les images des villes prises depuis l’espace.

Il existe également des projets de calcul distribué, comme Folding@Home, qui utilisent la puissance de traitement informatique disponible lorsque les machines ne sont pas utilisées pour calculer des chiffres pour des projets scientifiques.

Mais La science des zones frontalières est différent. Les scientifiques s’associent à une base de joueurs bien établie et enthousiaste à l’idée d’essayer de nouvelles choses.

« Nous pouvons puiser dans cette ressource incroyable que constituent les millions de joueurs qui souhaitent interagir avec cette fonctionnalité dans le jeu », a expliqué Attila Szantner. « La grande différence entre les projets de calcul distribué et celui-ci est que dans les projets de calcul distribué, vous participez avec vos ressources informatiques, mais dans ce projet, vous participez avec vos compétences cognitives. »

La conception d’un jeu qui pourrait être utilisé pour la classification du microbiome était un peu différente de la voie normale de la conception de jeux, a déclaré Pitchford.

« Normalement, notre mission consiste simplement à créer du divertissement, et le seul objectif que nous avons est de faire en sorte que notre public se sente gratifié par l’expérience », a-t-il déclaré. « Nous voulons que le public ait l’impression que le jeu est une excellente utilisation de son temps. Dans ce cas, nous avons un autre objectif, à savoir que les données produites par l’expérience de jeu devaient être réellement utiles aux objectifs de la communauté médicale. Nous devions créer des données utiles pour résoudre ce problème de classification. »

Et quant au potentiel de tels projets à long terme, « je crois vraiment que cela peut être un moteur de calcul humain presque illimité », a déclaré Szantner. « Avoir des millions de joueurs qui contribuent à la recherche scientifique est une configuration très puissante. »

Les jeux à la frontière de la science citoyenne

Si le jeu et la recherche médicale peuvent sembler être des concepts très éloignés l’un de l’autre, M. Pitchford a déclaré qu’il voyait les deux comme étant liés : « Je pense que le divertissement est l’une des choses les plus précieuses que nous ayons en tant qu’espèce. Le fait que nous puissions éprouver de la joie et du bonheur est ce qui fait que la vie vaut la peine d’être vécue. Mais votre capacité à profiter de la vie a une relation directe avec votre santé. Les personnes en mauvaise santé ont du mal à trouver cette joie et ce bonheur, car la douleur et les problèmes médicaux peuvent provoquer cette souffrance et ce stress. Souvent, le divertissement est un remède, pas une cure. »

Avec le Science des zones frontalières Avec le mini-jeu Borderlands Science et, espérons-le, avec les projets similaires qu’il pourrait inspirer à l’avenir, il est possible d’utiliser les sous-produits du divertissement des jeux pour soutenir des percées médicales qui pourraient avoir des avantages tangibles dans la vie des gens. Gearbox espère que d’autres développeurs de jeux prendront note et envisageront d’utiliser leurs propres ressources pour la science citoyenne.

Il y a tellement de domaines scientifiques qui pourraient utiliser des mécaniques similaires, des projets d’astrophysique à d’autres domaines de la médecine. « J’espère que cela va être profond et significatif », a déclaré Pitchford. « Je pense qu’une grande partie de notre public aimera le jeu et l’utilisera, et que beaucoup plus de gens dehors remarqueront qu’il y a cette opportunité pour les jeux et pour la gamification de créer du bien dans le monde. »

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